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根據系統中氧氣的存在,粉碎步驟也有所不同。在有氧的情況下,微生物對物質的分解為好氧消化,在無氧的情況下,生物醫用高分子材料物質分解為厭氧消化。這些過程之間的主要區別是,厭氧反應產生甲烷,而好氧反應沒有(但兩者都產生二氧化碳、水、某些殘留物和新物質)。此外,好氧消化通常比厭氧消化發生得更快,它能更好地減少物料的體積和質量。由于厭氧消化能減少廢料的體積和質量,并生產天然氣,因此,厭氧消化技術被廣泛用于當地的廢物處理系統中,作為可再生能源。
然后,由生物降解產生的產物被整合進微生物細胞中,進入同化期。有些降解產物可以很容易地通過膜載體將其運送到細胞內。但是,其他的一些產物仍然需要生物轉化反應來產生能夠被細胞運輸的產物。產品進入細胞后,進入分解代謝途徑,產生三磷酸腺苷或細胞結構素。