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根據(jù)系統(tǒng)中氧氣的存在，粉碎步驟也有所不同。在有氧的情況下，微生物對物質(zhì)的分解為好氧消化，在無氧的情況下，生物醫(yī)用高分子材料物質(zhì)分解為厭氧消化。這些過程之間的主要區(qū)別是，厭氧反應(yīng)產(chǎn)生甲烷，而好氧反應(yīng)沒有(但兩者都產(chǎn)生二氧化碳、水、某些殘留物和新物質(zhì))。此外，好氧消化通常比厭氧消化發(fā)生得更快，它能更好地減少物料的體積和質(zhì)量。由于厭氧消化能減少廢料的體積和質(zhì)量，并生產(chǎn)天然氣，因此，厭氧消化技術(shù)被廣泛用于當?shù)氐膹U物處理系統(tǒng)中，作為可再生能源。
然后，由生物降解產(chǎn)生的產(chǎn)物被整合進微生物細胞中，進入同化期。有些降解產(chǎn)物可以很容易地通過膜載體將其運送到細胞內(nèi)。但是，其他的一些產(chǎn)物仍然需要生物轉(zhuǎn)化反應(yīng)來產(chǎn)生能夠被細胞運輸?shù)漠a(chǎn)物。產(chǎn)品進入細胞后，進入分解代謝途徑，產(chǎn)生三磷酸腺苷或細胞結(jié)構(gòu)素。
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